Биологи впервые расшифровали геном культурной пшеницы
Группа биологов под руководством Майкла Бевана (Michael Bevan) из Центра Джона Иннеса в Норвике (Великобритания) использовала новые технологии секвенирования для расшифровки самого сложного и длинного генома - наследственной информации в клетках культурной пшеницы (Triticum aestivum).
29.11.2012
Источник: ria.ru
Биологи впервые смогли полностью расшифровать и изучить геном обычной культурной пшеницы, который содержит в себе рекордные 17 миллиардов "букв"-нуклеотидов, и опубликовали его в журнале Nature.
"Наша работа стала очередным шагом вперед на пути к получению исчерпывающей и хорошо описанной версии генома пшеницы, которая, наряду с рисом и кукурузой, является одним их трех основных продовольственных ресурсов мира. Население Земли увеличится с 7 до 9 миллиардов к 2050 году. Становится понятно, что при отсутствии новых сельскохозяйственных угодий, нам придется разработать более плодовитые сорта злаков для удовлетворения мировых потребностей в пище", — заявил один из авторов открытия Ян Дворак (Jan Dvorak) из университета Калифорнии в Дэвисе (США).
Группа биологов под руководством Майкла Бевана (Michael Bevan) из Центра Джона Иннеса в Норвике (Великобритания) использовала новые технологии секвенирования для расшифровки самого сложного и длинного генома — наследственной информации в клетках культурной пшеницы (Triticum aestivum).
Как объясняют исследователи, геном пшеницы крайне сложно "разобрать" и изучить из-за того, что он представляет собой смесь из фрагментов ДНК трех ее диких прародителей. Большое количество повторов, совпадающих и несовпадающих участков затрудняют полноценное прочтение генома, и вынуждают ученых прибегать к нетривиальным хитростям при извлечении цепочки ДНК и ее изучении.
Беван и его коллеги смогли преодолеть все эти сложности, разбив ДНК пшеницы на небольшие кусочки, прочитав их по отдельности и склеив полученные последовательности при помощи суперкомпьютера. В результате этого ученые получили черновую версию генома Triticum aestivum, которая содержит в себе около 17 миллионов нуклеотидов. Для сравнения, геном человека содержит в пять раз меньше "букв" — лишь 3 миллиона нуклеотидов.
Несмотря на невысокую точность — всего пять прочтений на нуклеотид вместо 20-30, биологам удалось выделить фрагменты ДНК, связанные с геномами предков пшеницы, известные в науке под условными названиями A, B и D. Кроме того, авторы статьи подсчитали количество генов — около 90 тысяч, и определили функции некоторых из них.
Для этого ученые сравнили полученную последовательность нуклеотидов с уже расшифрованными и изученными геномами риса и ячменя. Сравнение позволило биологам выделить несколько групп генов, отвечающих за приспособленность пшеницы к жизни при различных условиях окружающей среды.
"Определение этих генов поможет селекционерам ускорить процесс выведения новых сортов пшеницы, и позволит им получать растения не с одним, а сразу несколькими полезными признаками. Наша работа сделала большой вклад в ликвидацию недостатка пищи в мире", — заключает другой автор статьи Энтони Холл (Anthony Hall) из Ливерпульского университета (Великобритания).
"Наша работа стала очередным шагом вперед на пути к получению исчерпывающей и хорошо описанной версии генома пшеницы, которая, наряду с рисом и кукурузой, является одним их трех основных продовольственных ресурсов мира. Население Земли увеличится с 7 до 9 миллиардов к 2050 году. Становится понятно, что при отсутствии новых сельскохозяйственных угодий, нам придется разработать более плодовитые сорта злаков для удовлетворения мировых потребностей в пище", — заявил один из авторов открытия Ян Дворак (Jan Dvorak) из университета Калифорнии в Дэвисе (США).
Группа биологов под руководством Майкла Бевана (Michael Bevan) из Центра Джона Иннеса в Норвике (Великобритания) использовала новые технологии секвенирования для расшифровки самого сложного и длинного генома — наследственной информации в клетках культурной пшеницы (Triticum aestivum).
Как объясняют исследователи, геном пшеницы крайне сложно "разобрать" и изучить из-за того, что он представляет собой смесь из фрагментов ДНК трех ее диких прародителей. Большое количество повторов, совпадающих и несовпадающих участков затрудняют полноценное прочтение генома, и вынуждают ученых прибегать к нетривиальным хитростям при извлечении цепочки ДНК и ее изучении.
Беван и его коллеги смогли преодолеть все эти сложности, разбив ДНК пшеницы на небольшие кусочки, прочитав их по отдельности и склеив полученные последовательности при помощи суперкомпьютера. В результате этого ученые получили черновую версию генома Triticum aestivum, которая содержит в себе около 17 миллионов нуклеотидов. Для сравнения, геном человека содержит в пять раз меньше "букв" — лишь 3 миллиона нуклеотидов.
Несмотря на невысокую точность — всего пять прочтений на нуклеотид вместо 20-30, биологам удалось выделить фрагменты ДНК, связанные с геномами предков пшеницы, известные в науке под условными названиями A, B и D. Кроме того, авторы статьи подсчитали количество генов — около 90 тысяч, и определили функции некоторых из них.
Для этого ученые сравнили полученную последовательность нуклеотидов с уже расшифрованными и изученными геномами риса и ячменя. Сравнение позволило биологам выделить несколько групп генов, отвечающих за приспособленность пшеницы к жизни при различных условиях окружающей среды.
"Определение этих генов поможет селекционерам ускорить процесс выведения новых сортов пшеницы, и позволит им получать растения не с одним, а сразу несколькими полезными признаками. Наша работа сделала большой вклад в ликвидацию недостатка пищи в мире", — заключает другой автор статьи Энтони Холл (Anthony Hall) из Ливерпульского университета (Великобритания).
регион:
Великобритания
